Формат не знаю, а вот ход мысли:
Файл комментария (с текстовой меткой), привязанный по времени (или глубине).
Я делал так: в папку с рейсом (чистую) копирую файл *.cmt , переименовываю его с новым именем, в редакторе тоталкоммандера (по F4) удаляю все содержимое (ctrl-A, del), сохраняю. В графпаде выбираю этот файл (а он уже 0байт) и затем новый комментарий туда же сохраняю. Все получается...