Учитывая нелинейный характер градуировочной характеристики, целесообразно проводить калибровку хроматографа по пяти точкам с разной концентрацией. На практике это достаточно непросто сделать для всех компонентов, кроме метана. Как правило, результаты калибровки сравниваются с первичной калибровкой, указанной в паспорте прибора и удостоверенной подписью калибровщика. Если они (результаты калибровки) превышают нормированный предел основной абсолютной погрешности хроматографа, прибор требует дополнительной настройки, регулировки и, возможно, ремонта. В не зависимости от типа прибора и характеристик хроматографической системы данные калибровок устаревают и через определенное время необходимо повторять всю процедуру калибровки.